En la guerra de 1640, llamada comunmente por los catalanes, la guerra de los Segadores, el Consistorio de los Concelleres dispuso se hiciera una bandera nueva de guerra para oponerse y contrarestar al ejército castellano mandado por el marqués de los Velez, el cual avanzaba por la parte de Tortosa con el intento de castigar los excesos que se habian cometido en Barcelona, pero debidos estos á la efervesencia que produce siempre una revolucion popular, y motivada por los desafueros del tristemente célebre Conde Duque de Olivares, secundado por el Conde de Santa Coloma, virrey de Cataluña.
En 6 diciembre 1640, el Concejo de Ciento deliberó sacar la Bandera de santa Eulalia.
En 8 del mismo mes y año, por órden de los Concelleres y 24.ª de guerra se puso en la bandera la imágen de santa Eulalia, á un lado el escudo de armas de la excelentísima Ciudad de Barcelona, y en el otro un cáliz con hostia. El distinguido autor del Guia cicerone dice, que en la Bandera de santa Eulalia habia un lema de guerra sacado de la sagrada Escritura, que decia: Exurge Deus, judica causam tuam, en los Dietarios nada de esto hemos hallado.
Sin embargo el mandar los excelentísimos Concelleres que en dicha bandera se pusiese el cáliz con hostia, quisieron demostrar que aquella guerra se hacia no tan solamente para la defensa de los privilegios hollados y escarnecidos de la patria, si que tambien para la vindicacion del augusto Sacramento del Altar, contra el cual las tropas castellanas habian hecho las mas espantosas profanaciones, y cometido horrendos sacrilegios en Riu de Arenas, Santa Coloma de Parnés y otros pueblos de Cataluña, á mas de los atropellos, violaciones y otros crimenes que á mansalva cometieron los Tercios de Castilla; siendo esta la verdadera causa que Cataluña no pudiendo sufrir tales desmanes, ni su fe tolerar injurias dirigidas á unos objetos tan sagrados y tan ardientemente venerados por ella, apurado su sufrimiento, rompióse por fin la valla, y sacudiendo con furia yugo tan pesado, se arrojó, es verdad, á cometer grandes excesos, dignos por cierto de lamentarse; pero que su paciencia no pudo aguantar mas, viéndose maltratada, escarnecida y ultrajada.
Mateo Bruguera, Cronicón de Barcelona: Historia de la invicta y memorable bandera de Santa Eulalia (1861).